Mobilne aplikacije so zelo uporabne, vendar v vsaki stvari lahko dobimo kakšno slabost. Prva je gotovo ta, da je veliko aplikacij narejena samo za določen operacijski sistem ter tako je onemogočena uporaba mobilne aplikacije na ostalih telefonih. Večina novejših telefonov nima fizične tipkovnice, kar lahko uporabnika zmoti pri mobilnih aplikacijah, kjer je potrebna uporaba tipkovnice. Nekaterim pač virtualna tipkovnica ne zadošča vseh potreb.

Vsak razvijalec mobilne aplikacije se potrudi, da ima njegova aplikacija več prednosti kot slabosti. Kako pa razvijalec naredi aplikacijo si lahko preberete na blogu Razvoj mobilne aplikacije.